潔凈廠房的建筑圍護結構和室內裝修，應選用氣密性良好，且在溫度和濕度變化時變形小、污染物濃度符合現行有關標準規定限制的材料。潔凈室裝飾材料及密封材料不得采用釋放對室內各種產品品質有影響的材料。
潔凈室內墻壁和頂棚的裝修應符合下列規定：
1 潔凈室內墻壁和頂棚的表面應平整、光滑、不起塵、避免炫光，便于除塵，并應減少凹凸面。
2 踢腳不應突出墻面。
3 潔凈室不宜采用砌筑墻抹灰墻面，當必須采用時宜采用干燥作用，抹灰應采用符合現行標準《建筑裝飾裝修工程質量驗收規范》GB50210中抹灰的要求。墻面抹灰后應刷涂料面層，并應選用難燃、不開裂、耐腐蝕、耐清洗、表面光滑、不易吸水變質發霉的涂料。（在現實的凈化室裝修中，很少有潔凈室用砌筑墻）。
在現實的施工中，大多數都是用的彩鋼夾芯板，根據不同的用途和業主的要求選用不同的夾芯。一般彩鋼板的彩鋼顏色多位乳白色、象牙白等顏色，如有特殊要求也可以用其他顏色的彩鋼。一般夾芯材料有個硅鹽、巖棉、玻鎂、聚緣脂、氨酚、硫氧鎂等材料。各種板子的價格和防火時間都不相同，根據業主和規格選擇。
潔凈室地面設計應符合下列規定：
1 潔凈室地面應符合生產工藝要求。
2 潔凈室地面應平整，耐磨、易清洗、不開裂，且不易積聚靜電。
潔凈室地面在現在實際施工中，一般千級以下的用環氧自流平、PVC地板，千級以上的一般用高架地板，十萬級以下的一般用環氧平涂、水磨石。
潔凈廠房技術夾層的墻壁和頂棚表面宜平整、光滑，位于地下的技術夾層應采取防水或防潮、防霉措施。
潔凈室和人員凈化用房設置外窗應盡可能采用雙層玻璃固定窗，并應有良好的氣密性。（我們一般建議，潔凈室內能少開窗洞就盡量的少開，每多開一個窗洞，就多增加一點縫隙，就多增加一點漏風的機會。）
潔凈室內的密閉門應朝空氣潔凈度較高的房間開啟，并應架設閉門器，無窗潔凈室的密閉門上宜設觀察窗。
潔凈室門窗、墻板、頂棚等的設計應符合下列規定：
1 潔凈室門窗、墻板、頂板、地面及施工縫隙均應采取可靠的密閉措施（中性密封膠）。
2 當采用輕質構造頂棚做技術夾層時，非潔凈區域夾層內宜設檢修通道。
3 潔凈室窗宜與內墻齊平，不宜設窗臺。
